Yhdysvaltojen sotilastukikohtia perustettaessa on usein karkotettu alueen väestöä. Muun muassa Alaskassa ja Filippiineillä alkuperäisväestö joutui muuttamaan mailtaan. Okinawan saarelta Japanissa pakkosiirrettiin 3000 ihmistä maapallon toiselle puolelle Boliviaan. Rakennettaessa pahamaineista Diego Garcian tukikohtaa keskelle Intian valtamerta pakotettiin Chagos-saaren kaikki asukkaat muuttamaan pois. Grönlannissa siirrettiin joukoittain inuiitteja perinteisiltä asuinsijoiltaan.

Suomessa voi syntyä ristiriitoja saamelaisten maaoikeuksien kanssa. Toisin kuin Norja, Suomi ei ole ratifioinut Kansainvälisen työjärjestö ILO:n alkuperäis- ja heimokansoja koskevaa yleissopimusta, joten saamelaisten osallistuminen pohjoista aluetta koskevaan päätöksentekoon ei toteutune.

Tukikotien toiminta johtaa usein onnettomuuksiin, joiden uhrit ovat siviilejä. Niistä tunnetuimpia ovat Okinawan lentotukikohdan harjoituslennolla vuonna 1959 sattunut koneen maahansyöksy, jossa kuoli 17 ihmistä ja 210 loukkaantui. Useimmat olivat pieniä koululaisia. Ramsteinin lentonäytöksessä vuonna 1988 kone syöksyi yleisöön tappaen 70 ja vammauttaen 1000 henkilöä. Joukkojen aiheuttamat tieliikenneonnettomuudet ovat tukikohtien ympäristön jatkuva riesa.